Como milhões de sua geração, o Rebe foi pessoalmente afetado pelo Holocausto.

Seu irmão mais novo, DovBer, foi fuzilado e atirado numa vala comum, bem como milhares de outros judeus numa série de massacres conduzidos pelos alemães logo depois de sua ocupação de Dnepropetrovsk no outono de 1941. Sua avó e outros membros da família também foram mortos. A esposa do Rebe perdeu sua irmã mais nova, Sheina, que pereceu em Treblinka com o marido e o filho adotivo.

Em suas obras e discussões sobre o assunto, o Rebe rejeitou todas as explicações teológicas para o Holocausto. Pois qual conceito, além da desumanidade, pode ser usado para dar uma razão à morte e tortura de milhões de homens, mulheres e crianças inocentes? Podemos apenas concordar que existem coisas além do escopo finito da mente humana. Citando seu sogro, o Rebe costumava dizer: Não cabe a mim justificar D’us nisso. Somente D’us pode responder por aquilo que Ele permitiu que acontecesse, e a única resposta que aceitaremos é a imediata e completa Redenção, que para sempre banirá o mal da face da terra e trará a bondade e perfeição intrínsecas da criação de D’us.

Àqueles que argumentavam que o Holocausto "desprova" a existência de D’us, ou Sua providência sobre nossas vidas, o Rebe dizia: "Pelo contrário – o Holocausto decisivamente "desprovou" qualquer possível fé numa moralidade baseada no ser humano. Pois não foram as próprias pessoas que resumiram a cultura, o progresso científico e a moralidade filosófica que perpetraram as atrocidades mais vis que se conhecem na história humana? Pelo menos o Holocausto nos ensinou que uma existência moral e civilizada só é possível através da crença e submissão a um Poder Maior.

O Rebe também declarou: Nosso ultraje, nosso desafio incessante a D’us por aquilo que ocorreu – isso em si é o mais poderoso atestado de nossa crença n'Ele e em Sua bondade. Porque se nós não tivéssemos esta fé, com o quê estamos ultrajados? A obra cega do destino? O arranjo aleatório de galáxias que compõem o universo? É somente porque cremos em D’us, porque estamos convictos de que existe certo e errado e que o certo deve, por fim, triunfar, que clamamos, como fez Moshê: "Por que, meu D’us, fizeste mal a Teu povo?"

O Rebe fala sobre os mártires em Auschwitz (3 de abril de 1973)

Porém o mais importante para o Rebe sobre o Holocausto não era como nós o entendemos ou não, nem mesmo como recordamos suas vítimas, mas aquilo que fazemos a respeito. De permitirmos que a dor e o desespero nos desencorajem de criar uma nova geração de judeus com um forte comprometimento com seu Judaísmo, então a "solução final" de Hitler terá sido realizada, D’us não o permita. Mas se reconstruirmos, se criarmos uma geração orgulhosa e segura em seu Judaísmo, então teremos triunfado.

Isso o Rebe se dispôs a fazer. Designado pelo sogro para liderar os braços sociais de Chabad, ele colocou em ação os programas que, durante o meio-século que se seguiu, selaria o renascimento da vida judaica no mundo pós-holocausto.

Excerto de uma carta do Rebe, em 1965, a um sobrevivente do Holocausto (tradução livre)

…Lembrar é de fato um imperativo e um dever – especialmente à luz da crescente campanha para esquecer e deixar cair no esquecimento. E mesmo assim, lembrar é somente uma parte da tarefa que recai sobre nós. A outra parte, muito mais crucial, é contrariar ativamente a assim chamada "solução final" de Hitler…

Sua primeira tarefa é viver: assumir uma vida regrada, uma vida de casado, estabelecer um lar judaico e uma família judaica. Isso definitivamente sublinhará a derrota de Hitler: que não somente ele não conseguiu eliminar um certo chassid Vishnitzer, como também este chassid Vishnitzer terá filhos e netos, gerações após gerações de chassidim Vishnitzer. E não digo isso como figura de estilo – embora o que menos importa é se ele é um Vishnitzer, um Lubavitcher ou simplesmente um judeus que vive sua vida segundo a Torá e seus preceitos…